1ère salle : période moderne XVII et XVIII ème siècles
Elle se compose des tableaux acquis par la ville lors de la vente à Drouot du 3 novembre 1985 du mobilier du Château de Châtillon et des tableaux provenant de la Sacristie de l’Eglise et de l’Ancien Hôtel Dieu.
A noter un magnifique Guéridon, estampillé Jacob, plaqué d’ébène incrusté de filet de cuivre et de l’Emblème des Montmorency, il est orné d’une plaque de Porcelaine où figure le portrait équestre du Maréchal de Luxembourg et huit médaillons à l’effigie de connétables de Montmorency, ainsi que deux statues en bois provenant de la Chapelle de l’Hôtel Dieu représentant Saint Jean et Sainte Anne.
2ème salle : découvertes archéologiques
Elle est constituée uniquement par l’ensemble des découvertes archéologiques effectuées il y a une vingtaine d’années par le groupe archéologique du canton de Châtillon-Coligny. Celles-ci s’étagent de la Préhistoire à la fin de l’Empire Romain.
La Préhistoire est fort peu représentée. Chaque commune du canton a été occupée du Paléolitique inférieur au Néolithique : sont exposés quelques pics, racloirs, tranchets grattoire, haches taillées - casse tête discoïds, bifaces, etc ...
L’âge de bronze est représenté par une pointe de flèche et un couteau de la période du bronze final (950 av JC).
Par contre les occupants des deux périodes de l’âge de fer ont laissé dans le canton des traces profondes, avec très certainement deux types de populations différentes, l’une pratiquant l’incinération des corps, l’autre l’inhumation.
La période Gallo-Romaine : le Gâtinais qui était à cette époque Senonais - la capitale était "Agedincum" Sens a été profondément marqué par l’Occupation Romaine.
Saint-Maurice-sur-Aveyron possédait dans la vallée un important établissement thermal.
Montbouy : la ferme de Craon, les Arènes de Chenevières assez bien conservées, construites en petit appareil marqué au fer. Elles furent surtout utilisées au cours des 2ème et 3ème et début du 4ème ainsi qu’en témoignent les monnaies trouvées. En contrebas, dans la vallée du Loing, Dom Morin, Abbé de Ferrières en 1630, signale qu’il fut trouvé un lavoir à la mosaïque. Il s’agit très certainenemt du "Temple de Source".
3ème salle : histoire moderne
Cette salle est dédiée à la vie de ceux de la religion prétendue réformée à Châtillon-sur-Loing, de l’Amiral Gaspard II de Coligny à la révocation de l’Edit de Nantes et aussi à la famille de Montmorency-Luxembourg héritière des Coligny.
4ème salle : les Becquerel
Inaugurée en 1992 par Monsieur Michel Serre de l’Académie Française avec la participation du centre de production nucléaire de Dampierre-en-Burly et une apport de la COGEMA. Elle est consacrée aux quatre savants Becquerel qui reposent dans le cimetière de notre ville. Tous furent membre de l’Académie des sciences, polytechniciens, physiciens, professeurs au Muséum d’histoire naturelle. Leurs recherches furent consacrées à l’électricité, la météorologie et la minéralogie.
Les prix nobel de physique furent attribués en 1903 à Henri Becquerel et à Pierre et Marie Curie. L’ère nucléaire était née.